Начало XVII века было трудным для России. В 1604 году началась польская интервенция. Власть оказалась в руках Лжедмитрия I, а затем и II. И лишь 26 октября 1612 года Кремль Российский был освобожден от поляков. Но не успокоились интервенты. Потерпев поражение под Москвой, двинулись на Север, в Двинские земли, Заволочье. Теперь к ним примкнули русские изменники и воры. Об этом событии в Памятной книжке Сийского монастыря записано, что в лето 1613 года «на Важский уезд набежали многие воры, польские и литовские люди, русские изменники из-под Москвы и из иных русских городов. И на Ваге, и в Важском уезде многих людей мучати и побивают, и животы их грабят, и никому проезду и проходу из города в город не дают, и в Двинской уезд в Емецкий стан те воры въехали и многие крестьян побивают и грабят».

Флегонт Вальнев в статье «Емецкий острог» пишет: «Ляхи, терзавшие Россию со времен первого самозванца, истреблены или рассеяны; остатки корпуса Лиссовского, отрезанные от Литвы, устремились на север и на Ваге образовали более чем семитысячное полчище для грабежа и разбоя. Появление их на р. Ваге ознаменовалось их злодейством над беззащитными крестьянами, которых мучили и убивали из видов корысти; сопротивления не было; кто мог, спасался бегством в леса, оставляя дома на произвол грабителей. Не довольствуясь этими успехами, литовцы покушались сделать набег на Двинские уезды и Заволочье, отправляя туда шпионов со значительным конвоем».

Узнав о нашествии лихих людей, холмогорский воевода Пронский посылает своего товарища воеводу М. Ф. Глебова для создания осадного положения в Емецке и быстрейшего строительства в нем острога. По его распоряжению в Емецке был разобран Ивановский женский монастырь. Монахини переведены в Покровский мужской монастырь на место монахов, которые, в свою очередь, были переведены в Сийский монастырь.

Острог (или крепость) с трех сторон был окружен рвом. Площадь, занятая острогом, не превышала 12 тысяч квадратных саженей (примерно 5,5 га), включая 20 саженей (42,6 м) набережного угора, который постепенно был смыт водой.

По преданию, северная часть острога (по валу) проходила вблизи нынешней улицы Горончаровского (и по ней); с восточной части острог проходил до ручья Солянухи, который виден и теперь почти сразу за каменной церковью, зданием леспромхоза; по западной части - до Попова ручья, по которому теперь проходит шоссе. Но с точностью следы этих валов определить невозможно.

В остроге было поставлено несколько пушек с запасами пороха и свинца. Емецкий острог был довольно крупным укреплением, построенным по всем правилам инженерного искусства того времени.

До прихода неприятеля стрельцы расположились в засаде в густом сосновом бору от Шарапова села (село по берегу р. Шарапихи) до Емцы и на возвышенностях Городок и Сотин бор. В настоящее время на этом участке нет никакого густого леса. Ныне угол, образовавшийся от слияния двух рек, Шарапихи и Емцы, носит название д. Село; оно лежит на возвышенности, почти отвесной, над р. Шарапихой. С севера Село было окружено густым сосновым бором, называемом доныне Сотиным бором (от былого длинного Сотина бора остался лишь небольшой участок). Сотин бор в прошлом несколько понижался к югу и оканчивался утесом. У подошвы его лежат два узких продолговатых озера, Задворское и Ефанское, во времена описываемого события они были соединены со стороны Емцы протокой; углубление видно и сейчас. Между этими озерами находится природная земляная возвышенность, окаймленная с севера над протокой березовой рощицей. Ее ровная площадь имеет одну версту длины и пятьдесят саженей ширины; а высота ее от летнего уровня вод — не более пяти саженей. Это и есть Городок.

Используя сведения о битве из Памятника записок Сийского монастыря Игумена Ионы, хранящегося в 1839 году в этом монастыре, Ф. Вальнев в статье «Емецкий острог» пишет: «Места сии служили стрельцам засадой, которой способствовало гористое местоположение, а в особенности густой лес, заслонявший их со стороны р. Шараповой и Емцы. Неизвестно, долго ли они находились в бездействии, но весть о набеге литовцев вскоре оправдалась на самом деле. Из шайки этих бродяг появился отряд с Двинской стороны и, расселившись по долине, предался грабежу, застав врасплох многих емецких крестьян, отлучившихся из острога. Заметив в Емецком селе поставленный острог, литовцы устремились вверх по Емце мимо острога, и в том месте, где р. Ваймуга, за полторы версты выше Емецка, впадает в Емцу, начали переправляться при самом устье Ваймуги на правый берег ее, называвшийся Наволоком.

Тогда стрельцы из своей засады и крестьяне из острога тайно сделали вылазку; соединившись выше переправы, в лесу, ударили соединенными силами на литовцев и начали теснить в угол Наволока, окруженный реками. Об отступлении нельзя было думать, ибо гладкое и безлесное местоположение Наволока не принесло бы желаемого успеха в обратной переправе. Литовцы решились защищаться; завязалась с стрельцами битва, закончившаяся решительным истреблением литовцев, у которых было отбито три знамени и взято в плен два шпиона, находившихся в отряде. Их отослали холмогорскому воеводе, которому они признались, что литовцев на Ваге до семи тысяч, и они намереваются врасплох напасть на Холмогоры в той надежде, что там нет острога.

Это открытие было поводом к поспешному устройству в Холмогорах и Архангельске острогов. Последствия доказали справедливость известия, полученного от шпионов. В том же 1613 году, в декабре, шайка конных литовцев окружила Холмогорский острог и через три дня рассеялась: частично - в поморскую сторону, частично обратно на Вагу, миновав на сей раз Емецкий острог».

Существует предание о том, что некоторые из отряда налетчиков не хотели больше бесчинствовать и следовать за своими командирами из отряда литовцев, остались на емецкой земле, обосновались на ней и стали жить вместе с емчанами. Об этом говорят польские и литовские фамилии, например, Повольский и другие, оканчивающиеся на «-ий».

Емецкий острог просуществовал 147 лет и в 1760 году сгорел вместе со всем селом.